{"id":533,"date":"2020-06-02T09:45:42","date_gmt":"2020-06-02T07:45:42","guid":{"rendered":"https:\/\/www.smith.care\/?page_id=533"},"modified":"2025-04-07T13:20:19","modified_gmt":"2025-04-07T11:20:19","slug":"use-case-phep","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/www.smith.care\/de\/forschung\/use-case-phep\/","title":{"rendered":"Use Case PheP"},"content":{"rendered":"

[vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620300438259{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“5% 0″ item_padding_480_600=“20px 0px 20px 0px“ item_padding_480=“20px 0px 20px 0px“][vc_column_text]<\/p>\n

Methodischer Use Case PheP<\/h2>\n

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Ph\u00e4notypisierungspipeline zur Unterst\u00fctzung klinischer Auswertungsprojekte<\/h3>\n

[\/vc_column_text][vc_column_text]Durch die Medizininformatik-Initiative (MII) und den Aufbau der Datenintegrationszentren (DIZ)<\/a> werden klinische Versorgungdaten aus verschiedenen Quellen des Krankenhausinformationssystems (KIS) f\u00fcr die medizinische Forschung nutzbar gemacht. Dabei entsteht ein einzigartiger und reicher Bestand klinischer Daten, die pr\u00e4zise \u00fcber alle teilnehmenden Standorte definiert sind. Mit dem methodischen Anwendungsfall Ph\u00e4notypisierungspipeline, kurz PheP, hat das SMITH-Konsortium von 2018 bis 2023 den Aufbau, die qualitative Anreicherung und die Auswertung des Datenbestandes unterst\u00fctzt. Die Federf\u00fchrung lag bei der Universit\u00e4t Leipzig.[\/vc_column_text][\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620639409581{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column css=“.vc_custom_1620729400531{padding-top: 0px !important;padding-right: 0px !important;padding-bottom: 0px !important;padding-left: 0px !important;background-color: #ffffff !important;}“][qode_elements_holder number_of_columns=“two_columns“][qode_elements_holder_item vertical_alignment=“top“ horizontal_alignment=“left“ advanced_animations=“no“ item_padding=“5%“][vc_single_image image=“5265″ img_size=“full“ qode_css_animation=““][\/qode_elements_holder_item][qode_elements_holder_item vertical_alignment=“middle“ horizontal_alignment=“left“ advanced_animations=“no“ item_padding=“5%“][vc_column_text css=“.vc_custom_1623744995579{padding-bottom: 10% !important;}“]<\/p>\n

Use Case PheP<\/h3>\n

[\/vc_column_text]

<\/i><\/span><\/div>
Entwicklung innovativer Verfahren zur Aufbereitung, Extraktion und Strukturierung klinischer Versorgungsdaten f\u00fcr Forschung und Versorgung<\/h5><\/div>

<\/p><\/div><\/div><\/div>[vc_empty_space height=“20px“]

<\/i><\/span><\/div>
Bereitstellung einer Plattform f\u00fcr die Ausf\u00fchrung verteilter Analysen<\/h5><\/div>

<\/p><\/div><\/div><\/div>[vc_empty_space height=“20px“]

<\/i><\/span><\/div>
Aufbau, qualitative Anreicherung und Auswertung des klinischen Datenbestandes<\/h5><\/div>

<\/p><\/div><\/div><\/div>[vc_empty_space height=“20px“]

<\/i><\/span><\/div>
Beteiligung aller in SMITH vertretenen Universit\u00e4sklinika unter Federf\u00fchrung der Universit\u00e4t Leipzig<\/h5><\/div>

<\/p><\/div><\/div><\/div>[\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620300459787{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“5% 0 0 0″][vc_column_text]<\/p>\n

Die PheP-Idee: Gesundheitsdaten anreichern und bestm\u00f6glich der Wissenschaft zuf\u00fchren<\/h4>\n

[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“25px“][vc_column_text]PheP hat Werkzeuge und Methoden geliefert, mit denen medizinische Daten datenschutzgerecht genutzt und neuartige Fragestellungen bearbeitet werden k\u00f6nnen. \u00a0In f\u00fcnf Jahren Laufzeit hat der methodische Use Case die Vorarbeiten f\u00fcr verschiedenste weitere Projekte der MII geleistet. Hierf\u00fcr war es notwendig Datens\u00e4tze aufzubauen, die f\u00fcr klinisch-epidemiologische und gesundheits\u00f6konomische Fragestellungen nutzbar sind.[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text]Mittels Ph\u00e4notypisierung wurden in PheP aus bestimmbaren Merkmalen von Patientinnen und Patienten (Ph\u00e4notypen) weitere Merkmale abgeleitet und bereitgestellt. So k\u00f6nnen bestimmte Laborwerte und Medikationen Hinweise auf weitere Erkrankungen geben oder geeignete Patientinnen und Patienten f\u00fcr die Teilnahme an einer Studie gefunden werden. Aus diesem Projektteil ist die Nachwuchsgruppe Terminologie- und Ontologie-basierte Ph\u00e4notypisierung (TOP)<\/a> hervorgegangen. Die Nachwuchsgruppe ist an der Universit\u00e4t Leipzig angesiedelt und arbeitet seit 2021 unter der Leitung von Dr. Alexandr Uciteli an einer Softwareplattform zur Modellierung und Ausf\u00fchrung von Ph\u00e4notyp-Algorithmen. PheP hat dabei das Record-Linkage-Verfahren unterst\u00fctzt, \u00fcber das Daten einer Patientin oder eines Patienten aus unterschiedlichen Informationsquellen zusammengef\u00fchrt werden, beispielsweise von Krankenkassen oder Sterbedaten aus Melderegistern.[\/vc_column_text][\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620300468619{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“3% 0 0 0″ item_padding_480_600=“3% 0 10% 0″ item_padding_480=“3% 0 10% 0″][vc_column_text]<\/p>\n

Medizinische Texte werden f\u00fcr die Forschung verf\u00fcgbar gemacht<\/h4>\n

[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“25px“][vc_column_text]Allerdings liegen zu wenige klinische Informationen als maschinenlesbare Datens\u00e4tze vor \u2013 eine Herausforderung f\u00fcr die Umsetzung des PheP-Projekts. Gerade in Einweisungsbriefen, Befunden oder OP-Berichten finden sich wertvolle Informationen wie Diagnosen, Medikamente, Nebenwirkungen oder Labordaten, die nur mit Methoden der nat\u00fcrlichen Sprachverarbeitung (engl. Natural Language Processing, kurz NLP) und der semantischen Textanalyse extrahiert werden k\u00f6nnen. Das Projekt PheP-NLP hat neue Verfahren entwickelt, um komplexe Informationen wie z. B. Diagnosen, Befunde, Medikamente oder Nebenwirkungen aus den Texten herauszulesen. Der Prozess wurde akademisch geleitet durch das Jena University Language & Information Engineering Lab (JULIE Lab) in Zusammenarbeit mit Unternehmen auf dem Gebiet der Sprachverarbeitung. In einem Pilotprojekt mit den drei Universit\u00e4tskliniken Aachen, Jena und Leipzig konnten medizinische Dokumente von \u00fcber 3.000 Patientinnen und Patienten analysiert werden. Die dabei gewonnenen Erfahrungen haben zu einem neuen, bundesweitweit einzigartigen Projekt gef\u00fchrt: dem Textkorpusprojekt German Medical Textcorpus (GeMTeX)<\/a>. Es ist im Juni 2023 gestartet und wird mit 16 Partnern \u2013 darunter sechs Universit\u00e4tskliniken \u2013 die mit Abstand gr\u00f6\u00dfte Sammlung deutschsprachiger medizinischer Texte f\u00fcr die NLP-Forschung aufbauen.[\/vc_column_text][\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620300468619{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“3% 0 5% 0″ item_padding_480_600=“3% 0 10% 0″ item_padding_480=“3% 0 10% 0″][vc_column_text]<\/p>\n

Die PheP-Engine erlaubt datenschutzgerechte Auswertungen<\/h4>\n

[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“25px“][vc_column_text]Die Idee der verteilten Analyse wurde als \u201ePheP-Engine\u201c an den Standorten der MII zur technischen Grundlage f\u00fcr die Durchf\u00fchrung \u00fcbergreifender Datennutzungsprojekte. Die sichere Technologie der PheP-Engine hat verteilte Analysen auf den semantisch und technisch standardisierten Daten an allen Standorten erm\u00f6glicht. Bei der verteilten Analyse bleiben sensible Patientendaten in der Klinik, w\u00e4hrend die Algorithmen zu den Daten gelangen. Mit dieser Technologie k\u00f6nnen verschiedene klinische Fragestellungen flexibel und datenschutzkonform angegangen werden. Die verteilte Analyse wird in mehreren sogenannten Projectathons der MII \u00fcber die Grenzen der Konsortien hinaus genutzt, beispielsweise im Kardiologie-Datennutzungsprojekt \u201eNT-proBNP<\/a>\u201c.[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text]Der Use Case PheP wurde vom 01.01.2018 bis zum 31.05.2023 im Rahmen des SMITH-Konsortiums vom Bundesministerium f\u00fcr Bildung und Forschung (BMBF) gef\u00f6rdert.[\/vc_column_text][\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620640186865{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column css=“.vc_custom_1692171272109{margin-bottom: 5% !important;background-color: #ffffff !important;}“][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding_480_600=“3% 0 10% 0″ item_padding_480=“3% 0 10% 0″ item_padding=“1% 0″][vc_column_text css=“.vc_custom_1692179734408{padding-top: 0px !important;padding-right: 0px !important;padding-bottom: 0px !important;padding-left: 3% !important;}“]<\/p>\n

Zentrale Publikationen:<\/h4>\n

[\/vc_column_text][qode_content_slider auto_rotate=“5″ direction_nav=“no“ control_nav=“yes“ control_nav_justify=“no“ pause_on_hover=“yes“][qode_content_slider_item][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371882349{padding-top: 3% !important;padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]Uciteli A, Beger C, Kirsten T, Meineke FA, Herre H:[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371891349{padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]Ontological representation, classification and data-driven computing of phenotypes.<\/em>[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371898328{padding-right: 3% !important;padding-bottom: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]In: J Biomed Semantics. 2020 Dec 21;11(1):15. doi: 10.1186\/s13326-020-00230-0. PMID: 33349245; PMCID: PMC7751121.[\/vc_column_text][\/qode_content_slider_item][qode_content_slider_item][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371854183{padding-top: 3% !important;padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]Meineke FA, St\u00e4ubert S, L\u00f6be M, Uciteli A, L\u00f6ffler M:[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371867477{padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]Design and Concept of the SMITH Phenotyping Pipeline. <\/em>[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371875654{padding-right: 3% !important;padding-bottom: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]In: Stud Health Technol Inform. 2019 Sep 3;267:164-172. doi: 10.3233\/SHTI190821. PMID: 31483269.[\/vc_column_text][\/qode_content_slider_item][qode_content_slider_item][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371915037{padding-top: 3% !important;padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]Hahn U, Matthies F, Lohr C, L\u00f6ffler M:[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371922709{padding-right: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]3000PA-Towards a National Reference Corpus of German Clinical Language.<\/em>[\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1704371929390{padding-right: 3% !important;padding-bottom: 3% !important;padding-left: 3% !important;}“]In: Stud Health Technol Inform. 2018;247:26-30. PMID: 29677916.[\/vc_column_text][\/qode_content_slider_item][\/qode_content_slider][\/qode_elements_holder_item][\/qode_elements_holder][\/vc_column][\/vc_row][vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1613479948915{background-color: #e0f4fc !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“two_columns“ columns_proportion=“25_75″][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“50px 0px“ item_padding_480_600=“40px 0px 20px 0px“ item_padding_480=“40px 0px 20px 0px“][vc_single_image image=“945″ alignment=“center“ style=“vc_box_circle_2″ qode_css_animation=““][\/qode_elements_holder_item][qode_elements_holder_item vertical_alignment=“middle“ horizontal_alignment=“center“ advanced_animations=“no“ item_padding=“50px 0px“ item_padding_480_600=“0px 0px 40px 0px“ item_padding_480=“0px 0px 40px 0px“][vc_column_text]<\/p>\n

\u201eSMITH orientiert sich in seinen Arbeiten an den aktuellen Herausforderungen der Digitalisierung. Durch die nachhaltige Nutzung von Versorgungsdaten in der medizinischen Forschung werden entscheidende Schritte zur Verbesserung von Diagnose, Pr\u00e4vention und Therapie geleistet. Die Gesundheitsversorgung kann so auf eine neue Stufe gehoben werden.\u201c<\/em><\/p>\n

[\/vc_column_text][vc_empty_space][vc_column_text]<\/p>\n

Prof. Dr. Markus L\u00f6ffler<\/p>\n

Konsortialleiter SMITH
\nLeiter Use Case PheP
\nInstitut f\u00fcr Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE) | Universit\u00e4t Leipzig<\/p>\n

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[vc_row css_animation=““ row_type=“row“ use_row_as_full_screen_section=“no“ type=“grid“ angled_section=“no“ text_align=“left“ background_image_as_pattern=“without_pattern“ z_index=““ css=“.vc_custom_1620300438259{background-color: #f5f6f6 !important;}“][vc_column][qode_elements_holder number_of_columns=“one_column“][qode_elements_holder_item advanced_animations=“no“ item_padding=“5% 0″ item_padding_480_600=“20px 0px 20px 0px“ item_padding_480=“20px 0px 20px 0px“][vc_column_text] Methodischer Use Case PheP [\/vc_column_text][vc_empty_space height=“15px“][vc_column_text css=“.vc_custom_1624276423638{padding-bottom: 5% !important;}“] Ph\u00e4notypisierungspipeline zur Unterst\u00fctzung klinischer Auswertungsprojekte [\/vc_column_text][vc_column_text]Durch die Medizininformatik-Initiative (MII) und den Aufbau…<\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":0,"parent":16157,"menu_order":3,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"full_width.php","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-533","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/533","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=533"}],"version-history":[{"count":226,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/533\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":24489,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/533\/revisions\/24489"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/16157"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=533"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}