{"id":20796,"date":"2023-12-01T11:29:08","date_gmt":"2023-12-01T10:29:08","guid":{"rendered":"https:\/\/www.smith.care\/?p=20796"},"modified":"2024-07-22T10:17:14","modified_gmt":"2024-07-22T08:17:14","slug":"3-gemtex-plenarmeeting-2023","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.smith.care\/de\/2023\/12\/01\/3-gemtex-plenarmeeting-2023\/","title":{"rendered":"\u201eDie Texte aus der klinischen Versorgung sollen f\u00fcr die gesamte Forschungscommunity bereitstehen\u201c | 3. GeMTeX-Plenarmeeting am 20.\/21.11.2023 in M\u00fcnchen"},"content":{"rendered":"\n

Seit einem halben Jahr laufen bereits die Arbeiten an der Methodenplattform GeMTeX<\/a>, einem Projekt der Medizininformatik-Initiative (MII)<\/a>. Am 20. und 21. November 2023 haben sich rund 30 GeMTeX-Mitarbeitende an der Medizinischen Fakult\u00e4t der Technischen Universit\u00e4t M\u00fcnchen getroffen, um die ersten Projektfortschritte und Meilensteine zu besprechen.<\/p>\n\n\n\n

GeMTeX fokussiert den Aufbau einer Datensammlung, die Texte aus der klinischen Patientenversorgung nutzt. Ein wesentlicher Kern im GeMTeX-Projekt sind Annotationsarbeiten an den Universit\u00e4tskliniken Charit\u00e9 Berlin, Dresden, Erlangen, Essen, Leipzig und TU M\u00fcnchen. Dabei werden klinische Texte mit Metadaten zu Inhalt und Aufbau versehen, sodass sie beispielsweise f\u00fcr das Training von Sprachmodellen als Anwendung des Natural Language Processing genutzt werden k\u00f6nnen.<\/p>\n\n\n\n

Projektleiter Prof. Dr. Martin Boeker, Professor f\u00fcr Medizinische Informatik an der TU M\u00fcnchen, betonte in seiner Begr\u00fc\u00dfung den nachhaltigen Ansatz, der mit dem Aufbau des Textkorpus im Rahmen des GeMTeX-Projekts verfolgt wird: \u201eWir machen das nicht nur f\u00fcr die Medizininformatik-Initiative \u2013 wir wollen die medizinischen Texte der gesamten Community bereitstellen\u201c. Nach Abschluss der Arbeiten soll das Textkorpus \u00fcber das ZB MED Informationszentrum Lebenswissenschaften verf\u00fcgbar gemacht werden.<\/p>\n\n\n\n

Umfassende Leitlinien f\u00fcr Annotationen werden entwickelt<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Am ersten Tag standen die ab dem 1. M\u00e4rz 2024 geplanten Annotationsarbeiten im Mittelpunkt. Derzeit werden die Richtlinien hierf\u00fcr von der AG Annotation unter der Leitung von Luise Modersohn (TU M\u00fcnchen) erarbeitet. Diese fassen die Vorgaben zusammen, nach denen Texte mit zus\u00e4tzlichen Informationen angereichert werden.<\/p>\n\n\n\n

Das GeMTeX-Projekt l\u00e4sst sich dabei vom internationalen EU-gef\u00f6rderten Projekt AIDAVA<\/a> inspirieren, das sich der automatischen Erfassung und Bereitstellung von Patientendaten besch\u00e4ftigt: In seinem Vortrag hat Prof. Dr. Stefan Schulz von der Medizinischen Universit\u00e4t Graz die Entwicklung einer Annotationsrichtlinie f\u00fcr das EU Projekt AIDAVA vorgestellt, die sich gr\u00f6\u00dftenteils an SNOMED-CT orientiert. Dar\u00fcber hinaus hat er gezeigt, wie das international weit verbreitete Terminologiesystem SNOMED CT f\u00fcr die Abbildung von Textfragmenten genutzt werden kann.<\/p>\n\n\n\n

Im Rahmen des GeMTeX-Projekts entsteht eine allgemeine Annotationsleitlinie, die ebenfalls zu gro\u00dfen Teilen auf SNOMED CT basiert und nicht f\u00fcr einen gesonderten Anwendungsfall oder eine bestimmte Datenquelle angepasst werden muss. Den aktuellen Entwicklungsstand dieser Richtlinien hat Christina Lohr von der Universit\u00e4t Leipzig vorgestellt. Neben der allgemeinen entstehen anwendungsspezifische Annotationsleitlinien, die f\u00fcr konkrete medizinische Fragestellungen genutzt werden k\u00f6nnen. Diese umfassen Richtlinien f\u00fcr die Annotation von Texten aus der Kardiologie, Onkologie und Neurologie sowie Texte, in denen potentielle unerw\u00fcnschte Arzneimittelwechselwirkungen beschrieben sein k\u00f6nnten.<\/p>\n\n\n\n

Technische Umsetzung des GeMTeX-Projekts ist in Vorbereitung<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Der zweite Tag des GeMTeX-Plenarmeetings war technischen Themen gewidmet. Hierzu hat Dr. Frank Meineke, technische Leitung im GeMTeX-Projekt, die Ergebnisse einer Umfrage zum technischen Status der Standorte pr\u00e4sentiert. Ein wichtiger Bestandteil ist dabei die aktuelle Anzahl der informierten Patienteneinwilligungen (Broad Consent<\/a>), die die Grundlage f\u00fcr den Aufbau des Textkorpus f\u00fcr GeMTeX bilden. Das Ziel ist es, mindestens 60.000 Dokumente aus den sechs am Projekt beteiligten Datenintegrationszentren f\u00fcr das Textkorpus zur Verf\u00fcgung zu haben.<\/p>\n\n\n\n

Im letzten Teil der Veranstaltung drehte sich alles um die f\u00fcr die Durchf\u00fchrung des GeMTeX-Projekts notwendige Software. F\u00fcr die Annotation der Texte soll die Annotationsplattform INCEpTION der TU Darmstadt genutzt werden. Serwar Basch, wissenschaftlicher Mitarbeiter an der TU Darmstadt, hat von den aktuellen Entwicklungen um ein INCEpTION- Dashboard f\u00fcr eine detaillierte Auswertung von Annotationsarbeiten berichtet. Die Berliner Firma ID GmbH & Co. KGaA stellt den Terminologieserver f\u00fcr das Projekt zur Verf\u00fcgung. Den aktuellen Stand des Terminologieservers hat Andr\u00e9 Sander, Leiter f\u00fcr die technische Entwicklung bei ID, auf dem Plenarmeeting pr\u00e4sentiert.<\/p>\n\n\n\n

Zum Schluss hat Franz Matthies (Universit\u00e4t Leipzig) eine Referenzplattform vorgestellt, die das Zusammenspiel aus einer Software des Industriepartners Averbis GmbH zur automatisierten Vorannotation und der Annotationsplattform INCEpTION beinhaltet. Die Plattform soll an den beteiligten Standorten ausgerollt werden.<\/p>\n\n\n\n

Das n\u00e4chste Plenarmeeting findet am 27. Februar 2024 online statt.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Seit einem halben Jahr laufen bereits die Arbeiten an der Methodenplattform GeMTeX, einem Projekt der Medizininformatik-Initiative (MII). Am 20. und 21. November 2023 haben sich rund 30 GeMTeX-Mitarbeitende an der Medizinischen Fakult\u00e4t der Technischen Universit\u00e4t M\u00fcnchen getroffen, um die ersten Projektfortschritte und Meilensteine zu besprechen….<\/p>\n","protected":false},"author":14,"featured_media":20798,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-20796","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-neuigkeiten"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20796","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/14"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=20796"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20796\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":20816,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/20796\/revisions\/20816"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media\/20798"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=20796"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=20796"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=20796"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}