{"id":22479,"date":"2024-05-23T09:54:50","date_gmt":"2024-05-23T07:54:50","guid":{"rendered":"https:\/\/www.smith.care\/?p=22479"},"modified":"2024-05-23T09:55:28","modified_gmt":"2024-05-23T07:55:28","slug":"gemtex-plenarmeeting-05-24","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.smith.care\/de\/2024\/05\/23\/gemtex-plenarmeeting-05-24\/","title":{"rendered":"Bereit f\u00fcr die Annotationsarbeiten | 5. GeMTeX-Plenarmeeting am 15. und 16. Mai 2024 in Leipzig"},"content":{"rendered":"\n

Vor knapp einem Jahr hat das GeMTeX<\/a>-Projektteam seine Arbeit aufgenommen. In der vergangenen Woche trafen sich mehr als 40 Mitarbeitende in der Albertina Bibliothek der Universit\u00e4t Leipzig, um die bisher erreichten Meilensteine zu diskutieren und die bevorstehenden Annotationsarbeiten zu planen, die am 1. Juni 2024 beginnen sollen.<\/p>\n\n\n\n

GeMTeX fokussiert den Aufbau einer Datensammlung mit Texten aus der klinischen Patientenversorgung. Ein wesentlicher Kern des GeMTeX-Projekts sind die Annotationsarbeiten an den Universit\u00e4tskliniken Charit\u00e9 Berlin, Dresden, Erlangen, Essen, Leipzig und TU M\u00fcnchen. Dabei werden klinische Texte mit inhaltlichen und strukturellen Metadaten versehen, so dass diese u. a. f\u00fcr das Training von Sprachmodellen genutzt werden k\u00f6nnen.<\/p>\n\n\n\n

Annotationsplattform wurde um zus\u00e4tzliche Funktionen erweitert<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Das GeMTeX-Textkorpus basiert auf Daten, die von Patientinnen und Patienten \u00fcber den Broad Consent<\/a> der Medizininformatik-Initiative (MII)<\/a> f\u00fcr die Forschung freigegeben wurden. \u201eWir haben einen wichtigen Meilenstein erreicht: Das Datenschutzkonzept und das Studienprotokoll haben ein positives Votum der Ethikkommission der TU M\u00fcnchen f\u00fcr die Annotationsarbeiten in GeMTeX erhalten,\u201c sagte Professor Martin Boeker von der TU M\u00fcnchen und Leiter des Projekts auf dem Plenarmeeting. Um die Texte im Rahmen von GeMTeX nutzen zu k\u00f6nnen, muss zun\u00e4chst an jedem Standort ein Datenschutz- und Ethikvotum eingeholt werden. Die anderen Standorte reichen derzeit ihre Antr\u00e4ge bei den zust\u00e4ndigen Ethikkommissionen ein.<\/p>\n\n\n\n

Anschlie\u00dfend wurde unter der Moderation von Frank Meineke von der Universit\u00e4t Leipzig der Stand der Technik diskutiert. Das Team der TU Darmstadt hat die Annotationsplattform INCEpTION umfassend erweitert, so k\u00f6nnen nun beispielsweise \u00dcbereinstimmungen in den Annotationsgruppen besser visualisiert werden. Auch die so genannte Kuration der Annotation ist eine wesentliche Erweiterung von INCEpTION. Damit ist es m\u00f6glich, unterschiedliche Entscheidungen von verschiedenen Annotatorinnen und Annotatoren sichtbar zu machen und sich f\u00fcr die eine oder andere Annotation zu entscheiden.<\/p>\n\n\n\n

Erste Standorte arbeiten ihre Hilfskr\u00e4fte in die Annotationen ein<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Den Veranstaltungsblock zur Annotation moderierte Luise Modersohn, wissenschaftliche Projektmanagerin in GeMTeX und Leiterin der Nachwuchsforschungsgruppe DE.xt an der TU M\u00fcnchen. Im Fokus standen u. a. die ersten Versionen von Richtlinien f\u00fcr eine allgemeine semantische Annotation. Die vier dom\u00e4nenspezifischen Annotationen in Kardiologie, Neurologie, Pharmakologie und Onkologie wurden von den jeweiligen Arbeitsgruppenleitungen Philipp Wiesenbach (Universit\u00e4tsklinikum Heidelberg), Aliaksandra Shutsko (ZB Med), Annette H\u00e4rdtlein (LMU Klinikum M\u00fcnchen) und Florian Borchert (Hasso-Plattner-Institut) vorgestellt.<\/p>\n\n\n\n

Dar\u00fcber hinaus liegen nun Schulungsmaterialen f\u00fcr Annotierende und die Koordination der Annotationsgruppen vor. Diese Sammlung enth\u00e4lt Dokumente mit Arbeitsanweisungen und kurze Videos, etwa zur Einf\u00fchrung in das Werkzeug INCEpTION oder zu Annotationsvorschriften.<\/p>\n\n\n\n

An den Standorten Leipzig, Erlangen und Essen studentische Hilfskr\u00e4fte mit der Markierung der zu anonymisierenden Textpassagen (Deidentifikation) und der Einarbeitung in INCEpTION bereits begonnen. Dabei kommen derzeit frei verf\u00fcgbare synthetische Texte zum Einsatz, die nicht dem Datenschutz unterliegen und f\u00fcr die Erprobung der Abl\u00e4ufe sehr wichtig sind. Ab Juni beginnt die semantische Annotation von Diagnosen und Medikationen.<\/p>\n\n\n\n

Das n\u00e4chste GeMTeX-Plenarmeeting findet am 26. September online statt.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Vor knapp einem Jahr hat das GeMTeX-Projektteam seine Arbeit aufgenommen. In der vergangenen Woche trafen sich mehr als 40 Mitarbeitende in der Albertina Bibliothek der Universit\u00e4t Leipzig, um die bisher erreichten Meilensteine zu diskutieren und die bevorstehenden Annotationsarbeiten zu planen, die am 1. Juni 2024 beginnen sollen.<\/p>\n","protected":false},"author":14,"featured_media":22466,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-22479","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-neuigkeiten"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22479","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/users\/14"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=22479"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22479\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":22481,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/22479\/revisions\/22481"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media\/22466"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=22479"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=22479"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.smith.care\/de\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=22479"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}