{"id":26492,"date":"2026-11-05T15:05:19","date_gmt":"2026-11-05T14:05:19","guid":{"rendered":"https:\/\/www.smith.care\/?p=26492"},"modified":"2026-11-05T15:07:33","modified_gmt":"2026-11-05T14:07:33","slug":"gemtex-abschluss-2026","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.smith.care\/de\/2026\/11\/05\/gemtex-abschluss-2026\/","title":{"rendered":"GeMTeX-Projekt erfolgreich: \u00dcber 20.000 annotierte Dokumente f\u00fcr die medizinische Forschung verf\u00fcgbar"},"content":{"rendered":"\n

GeMTeX-Abschlussmeeting in Leipzig am 19.\/20. Oktober 2026<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Klinische Dokumente aus der Patientenversorgung f\u00fcr die Forschung datenschutzkonform nutzbar machen: An diesem Ziel hat das Team der MII-Methodenplattform GeMTeX<\/a> in den vergangenen drei Jahren intensiv gearbeitet. Beim Abschlusstreffen am 19. und 20. Oktober 2026 in Leipzig haben sich rund 20 Projektmitarbeitende getroffen, um die Ergebnisse zusammenzuf\u00fchren, wissenschaftliche Publikationen vorzubereiten und Bilanz zu ziehen.<\/p>\n\n\n\n

Wissenschaftliche Ergebnisse und technische Integration<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Im Rahmen des GeMTeX-Projektes wurden von Mai 2023 bis Ende 2026 an sechs universit\u00e4tsmedizinischen Standorten Dokumente aus der klinischen Routineversorgung de-identifiziert und von angehenden Medizinerinnen und Medizinern annotiert. Dabei wurden Informationen, die R\u00fcckschl\u00fcsse auf Personen oder Orte erm\u00f6glichen, unkenntlich gemacht und die Texte mit Metadaten zu ihrem Inhalt angereichert, um sie f\u00fcr die Forschung und Anwendungen K\u00fcnstlicher Intelligenz (KI) nutzbar zu machen.<\/p>\n\n\n\n

Am ersten Tag des Abschlussmeetings standen die wissenschaftlichen Publikationen im Mittelpunkt, die zu den Arbeiten in GeMTeX ver\u00f6ffentlicht werden sollen.
Im Laufe des Projekts wurden unter anderem Werkzeuge und Plattformen f\u00fcr die De-Identifikation und Annotation weiterentwickelt, technische Prozesse zur Bereitstellung klinischer Dokumente etabliert und Richtlinien f\u00fcr die semantische Annotation medizinischer Texte erarbeitet.<\/p>\n\n\n\n

In den kommenden Wochen bereitet das Projektteam diese vielf\u00e4ltigen Ergebnisse in wissenschaftlichen Publikationen auf, um sie der Fachcommunity zug\u00e4nglich zu machen.<\/p>\n\n\n\n

Lessons Learned und Bilanz aus drei Jahren Projektarbeit<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Der zweite Tag widmete sich den Erfahrungen aus den Annotationsarbeiten, den zentralen Lessons Learned und der Zusammenfassung der Projektergebnisse. Trotz Herausforderungen bei der Planung, der Rekrutierung und der technischen Integration zieht das Team eine positive Bilanz.<\/p>\n\n\n\n

Insgesamt sind in der Projektlaufzeit \u00fcber 20.000 Dokumente mit fast 7 Millionen Tokens manuell annotiert. So ist mit dem GeMTeX-Korpus bei Weitem das gr\u00f6\u00dfte klinische Textkorpus deutscher Sprache entstanden, das f\u00fcr die wissenschaftliche Analyse medizinischer Texte und die Entwicklung datenbasierter Anwendungen zur Verf\u00fcgung steht.<\/p>\n\n\n\n

Zu den zentralen Erfolgen z\u00e4hlen au\u00dferdem die Anpassung und Weiterentwicklung der Annotationsplattform INCEpTION<\/a>, die Entwicklung einer Pipeline zur De-Identifikation klinischer Dokumente, die erste gro\u00dfangelegte konzeptbasierte Textannotation mit SNOMED CT und die Integration der Projektergebnisse in den Kerndatensatz der Medizininformatik-Initiative (MII)<\/a>. Mit dem neuen Kerndatensatzmodul \u201eDokument\u201c k\u00f6nnen die Texte in die Datenintegrationszentren (DIZ)<\/a> sowie in das Forschungsdatenportal f\u00fcr Gesundheit (FDPG)<\/a> integriert werden, um sie f\u00fcr die Forschung nutzbar zu machen. Der Partner ZB MED hat GeMTeX in seinem Health Study Hub<\/a> verlinkt, sodass das Korpus zusammen mit Informationen zu seiner Nutzung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern leicht gefunden werden kann.<\/p>\n\n\n\n

Eine Grundlage f\u00fcr die weitere Forschung<\/strong><\/p>\n\n\n\n

\u201eDas GeMTeX-Korpus hat nach internationalem Ma\u00dfstab eine herausragende Qualit\u00e4t,\u201c fasste Prof. Dr. Martin Boeker, Projektleiter des GeMTeX-Projektes, zusammen. Dies sei besonders dem wissenschaftlich fundierten Vorgehen, der hohen \u00dcbereinstimmung zwischen den Annotatorinnen und Annotatoren sowie der strengen Einhaltung von Datenschutzstandards zu verdanken, die das Korpus nachhaltig verwertbar machen.<\/p>\n\n\n\n

Auch \u00fcber das Projektende hinaus wird das GeMTeX-Team seine Ergebnisse in die wissenschaftliche Community tragen: Neben wissenschaftlichen Publikationen sind daf\u00fcr Workshops auf Fachveranstaltungen wie der Medical Informatics Europe (MIE) und der Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft f\u00fcr Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie (GMDS) geplant.<\/p>\n\n\n\n

Zahlreiche Anschlussprojekte zu klinischen Textkorpora<\/strong><\/strong><\/p>\n\n\n\n

Mit dem Abschluss von GeMTeX wird die Forschung an klinischen Textkorpora im Umfeld des Projekts fortgef\u00fchrt. Zwei Vorhaben wurden im Rahmen der DFG-Ausschreibung \u201eDatenkorpora f\u00fcr K\u00fcnstliche Intelligenz<\/a>\u201c bewilligt: In Leipzig soll ab 2027 mit LIFETEX<\/a> ein Textkorpus aus Dokumenten der LIFE-Studie zur Erforschung von Zivilisationserkrankungen verf\u00fcgbar gemacht und mit Daten des LIFE-Forschungszentrums verkn\u00fcpft werden. Das Heidelberger Projekt CARDIO++<\/a> erweitert das bereits verf\u00fcgbare Textkorpus CARDIO:DE und treibt die Forschung zu KI-Anwendungen im Bereich der kardiovaskul\u00e4ren Medizin voran.<\/p>\n\n\n\n

Ebenfalls 2027 startet in Leipzig das BMFTR-Datennutzungsprojekt PARADE. Mithilfe gro\u00dfer Sprachmodelle sollen darin unerw\u00fcnschte Arzneimittelereignisse und Wechselwirkungen von Medikamenten erkannt werden. Dar\u00fcber hinaus f\u00f6rdert das s\u00e4chsische Netzwerk KIMed \u2013 Netzwerk f\u00fcr K\u00fcnstliche Intelligenz in der Medizin<\/a> einen Natural Language Processing (NLP)-Anwendungsfall, der demonstrieren soll, wie sich Methoden aus GeMTeX in einer sicheren Forschungsumgebung (Secure Processing Environment, SPE) einsetzen lassen.<\/p>\n\n\n\n

Aktuelle Publikation:<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Developing the German Medical Text Corpus (GeMTeX): Legal Compliance and Semantic Enrichment<\/a> (Hofenbitzer et al., LREC 2026)<\/p>\n\n\n\n

Zugang zum GeMTeX-Korpus:<\/strong><\/p>\n\n\n\n