Die Rolle der Biobanken in der Medizininformatik-Initiative

Interviewauszug, 15.04.2020:
German Biobank Node im Gespräch mit Prof. Dr. Markus Löffler, Konsortialleiter SMITH

Welche Ziele verfolgen Sie in der Medizininformatik-Initiative?
Markus Löffler:
In der MII arbeiten wir gemeinsam daran, Daten aus Krankenhäusern für die Forschung zu erschließen. Persönlich habe ich vor allem ein klinisch-epidemiologisches Interesse und möchte Informationen zur Situation der Krankenversorgung zugänglich machen. Krankenhausdaten sind leider weitgehend unstrukturiert. Ich möchte erreichen, dass man zum Beispiel leicht herausfinden kann, wie viele Adipositas-Patienten in einem Jahr behandelt wurden und welche Medikamente sie bekommen haben. Das ist zurzeit nicht möglich.

Können Sie die Ausgangssituation genauer beschreiben?
Löffler:
Arztbriefe, die in Krankenhäusern häufig als PDF-Dateien gespeichert werden, zeigen das Dilemma sehr deutlich. Aus medizininformatischer Perspektive sind diese Briefe ein Albtraum. Man kann sie unmöglich systematisch durchsuchen – und zwar aus zwei Gründen: Häufig sind sie ausschließlich in den Akten der Patienten abgelegt, weshalb man Arztbriefe gar nicht erst abfragen kann. Doch auch wenn das möglich wäre, hätte man das Problem, dass Suchen nach „Herzinfarkt“ auch Dokumente mit „Verdacht auf Herzinfarkt“ oder „Verdacht auf Herzinfarkt ausgeschlossen“ zutage fördern. Um auch solche Daten „mine-bar“ zu machen, also gewissermaßen aufzuschließen, brauchen wir intelligente Lösungen der Medizininformatik.

Und welche Lösungen haben Sie dafür?
Löffler:
In allen Konsortien bauen wir neue digitale Infrastrukturen auf – sogenannte Datenintegrationszentren. Wir leiten relevante Daten aus den Krankenhausinformationssystemen in diese DIZ aus und strukturieren sie dort. So können wir in Zukunft auch zwischen den Konsortien data sharing betreiben, wenn bestimmte Voraussetzungen erfüllt werden. Gleichzeitig arbeiten wir in SMITH an computerlinguistischen Verfahren, um die Dokumente für unsere Zwecke lesbar zu machen. Sie benötigen beispielsweise „Keywords“, andere Begriffe müssen dagegen ausgeblendet werden, um den Datenschutz zu wahren. Eine Suche darin soll letztlich wie eine Google-Abfrage funktionieren.

Welche Rolle spielen Biobanken in SMITH?
Löffler:

Die Bühne von SMITH ist das Krankenhaus. Dabei gelangen natürlich im onkologischen oder kardiologischen Kontext Bioproben aus dem Bereich der Krankenversorgung in die Biobanken. Das entsprechende Record-Linkage ist hier für uns von großer Bedeutung. Die Zusammenarbeit mit der German Biobank Alliance ist insbesondere mit Blick auf die Kerndatensätze für Proben wichtig. Die GBA verfügt bereits über diese Kerndatensätze – wir müssen diese in die MII-Konsortien „einbauen“.

Zum vollständigen Artikel | 15.04.2020